Der Arbeitgeber muß in jedem Jahr für jeden Arbeitnehmer ein Lohnkonto einrichten.
Eine bestimmte Form des Lohnkontos ist nicht vorgeschrieben – der Arbeitgeber kann die unter Berücksichtigung des in seinem Betrieb verwendeten Buchführungssystems selbst bestimmen. Bei maschineller Lohnabrechnung ist es üblich, ein sog. Stammblatt zu führen, das alle für den Lohnsteuerabzug maßgebenden Merkmale enthält.
Es gilt eine zehnjährige Aufbewahrungsfrist, gerechnet vom Beginn des Kalenderjahres, das dem letztem Lohnabrechnungszeitraumes folgt. Lohnkonten einschl. Lohnabrechnungsunterlagen, bspw. die Lohnzahlungen des Jahres 2001 betreffen, können deshalb erst ab 1. 1. 2012 vernichtet werden.
Lohnkonten stellen die Grundlage für die vom Betriebsstätten-Finanzamt durchzuführende Lohnsteuer-Außenprüfung dar. Von dem Grundsatz, daß Lohnkonten in der Betriebsstätte geführt und aufbewahrt werden, kann abgewichen werden, wenn dies in den Büros von Angehörigen der steuerberatenden Berufe erfolgt und die Unterlagen für eine evtl. Steuer-Außenprüfung greifbar sind.